番茄酸甜可口，容易烹调，生吃熟吃均可。无论中餐的番茄炖牛腩、番茄炒鸡蛋，还是西餐的番茄沙司番茄酱，总能为美食锦上添花。但对某些人来说，吃得太多太频繁，也会对人体产生明显的副作用。
番茄过敏人士。尽管很多人不知道，但番茄的确是已知过敏原之一。在易感人群中会引起打喷嚏、湿疹、皮疹等问题，及红眉毛、眼睑，咽喉瘙痒和口腔、面部肿胀等不同症状。某些情况下，即使仅接触番茄也会引起某些人的过敏反应(如皮炎)。欧洲食品安全局称，吃过量番茄会造成某些金属元素在体内的积累，从而对某些敏感人群造成不良影响。例如，镍是被污染番茄中常见的重金属之一，短期接触会引起过敏反应，长期暴露则对实验中的动物发育和生殖产生影响。
肾功能障碍人士。美国卫生和公共服务部指出，有肾脏问题的人应减少钾摄入量，而番茄含高浓度的钾。也有人担心，番茄及其制品，特别是番茄酱中的草酸，也是具有潜在风险的化合物，大量摄入时与体内的钙结合，可能会对肾结石的形成和复发产生不利影响。不过，这种影响还有待流行病学研究进一步证实。
胃食管反流病/胃灼热人士。胃食管反流病主要与饮食习惯相关，食用番茄及其加工制品则是诱发和加重胃食管反流病的主要原因之一。在这种疾病状态下，大量的胃酸返流到食道中，从而引起胸部、喉咙的反酸味和灼痛感。番茄中存在的柠檬酸和苹果酸，很可能是导致易感个体和高频番茄消费者患病的主要诱因。
肠易激综合征患者。肠易激综合征是一种常见的胃肠道疾病，症状主要包括排便异常、腹胀、腹痛和便秘或腹泻的频繁发作，而不良的饮食习惯是引发这种疾病的最重要因素。番茄的致敏性可能引发一些人的肠道问题。同时，番茄的皮和种子可能会对某些人的肠胃造成刺激，从而导致腹胀、腹泻。
容易胃痛和腹痛人士。未成熟的绿色番茄中含有生物碱——茄碱，它具有一定毒性，以帮助植物抵挡昆虫、真菌和细菌的侵害。随番茄成熟，生物碱的含量会降低。但对某些敏感者来说，大量进食番茄，仍可能导致胃肠道不适和疼痛。
尿失禁和膀胱炎人士。酸味的食品，如水果、蔬菜和饮料等，通常被认为是潜在的膀胱刺激物，对部分敏感人群来说，可能会增加尿失禁风险，有酸味的番茄也不例外。
过量食用某些食物，包括番茄、巧克力、含咖啡因的饮料，以及某些人造甜味剂，都可能引起膀胱炎，并加剧膀胱疾病的症状。也有研究显示，番茄及其加工制品对疼痛性膀胱综合征有不良影响。
偏头痛者。饮食被认为是影响偏头痛发病、加重的诱发因素之一。在170例偏头痛患者的病例对照研究中发现，在病例组中包括番茄在内的几种蔬菜的食用量显著更高。也有实验表明，食用番茄对偏头痛的发病具有明显影响。
担心皮肤变色的人。番茄是番茄红素的丰富来源，番茄红素是种有效的抗氧化剂。 然而，食用大量番茄会导致个体血液和血浆中含有过量的番茄红素，从而导致皮肤变色发红，称为番茄红素血症。
不过，番茄作为一种低能量密度、高营养素密度、富含抗氧化剂的食物，对大多数健康人来说，每天吃个番茄，或吃一勺番茄酱，是个很健康的饮食习惯。
